魚津埋没林博物館は埋没林・蜃気楼をテーマに設計しました。
全体計画は、事務所を兼ねた受付・入出場ゲートより県道にトンネルを設置し、これにより水中展示館・乾燥展示館・ドーム館へアプローチする動線となっています。
テーマ館は、太古の杉と雪吊りをイメージしたデザインとなっており、館内には蜃気楼発生メカニズムや映像鑑賞、展望室等が設置されています。
水中展示館・乾燥展示館は、魚津市伝統のたてもん祭りをイメージした外観となっています。水中展示館は地下に水槽を設置し、中に樹根を展示、地下通路からガラス越しに鑑賞することができます。乾燥展示館は、乾燥した樹根が展示台の上に設置してあり、触ることもできます。
ドーム館は、円形の壁面とドームの屋根をプレストレスコンクリートで設計しました。樹根3点と樹幹1点を出現した場所で、殆ど掘削された状態で鑑賞できるのが特徴です。